MyEclipse nos aporta la facilidad de automatizar la copia de la aplicación sobre el servidor de aplicaciones que utilizarás

evita tener que memorizar como se hace dicho fichero de configuración que tan útil era en el Eclipse normal.y la Posibilidad de cambiar a diferentes frameworks de desarrollo con 3 simples clicks, convertir tu aplicación web en una aplicación según patron MVC (modelo vista controlador), digase Struts o JSF,etc